企便函[2009]33號文明確：本次企業(yè)自查調(diào)增的應(yīng)納稅所得額可以彌補(bǔ)以前年度虧損，調(diào)減的應(yīng)納稅所得額，若有多繳所得稅的則暫不辦理退稅，抵減以后年度應(yīng)納稅額。這里需要注意兩個問題：

1、關(guān)于企業(yè)自查調(diào)增的應(yīng)納稅所得額可以彌補(bǔ)以前年度虧損。國稅發(fā)[1997]181號文《關(guān)于企業(yè)所得稅若干業(yè)務(wù)問題的通知》曾規(guī)定，納稅人查增的所得額不得用于彌補(bǔ)以前年度的虧損。該規(guī)定是指企業(yè)納稅人進(jìn)行匯算清繳后，稅務(wù)機(jī)關(guān)檢查調(diào)增的應(yīng)納稅所得額，而不包括納稅人根據(jù)有關(guān)規(guī)范性文件自行調(diào)整的數(shù)額，而且本次企業(yè)自查調(diào)增的是本年度而非以前年度應(yīng)納稅所得額，因此可以彌補(bǔ)以前年度虧損。當(dāng)然這里還應(yīng)注意企業(yè)所得稅法第十八條的規(guī)定，即企業(yè)納稅年度發(fā)生的虧損，準(zhǔn)予向以后年度結(jié)轉(zhuǎn)，用以后年度的所得彌補(bǔ)，但結(jié)轉(zhuǎn)年限最長不得超過五年。

2、關(guān)于調(diào)減應(yīng)納稅所得額涉及多繳所得稅的處理。根據(jù)《稅收征收管理法》第五十一條規(guī)定，納稅人超過應(yīng)納稅額繳納的稅款，稅務(wù)機(jī)關(guān)發(fā)現(xiàn)后應(yīng)當(dāng)立即退還；納稅人自結(jié)算繳納稅款之日起三年內(nèi)發(fā)現(xiàn)的，可以向稅務(wù)機(jī)關(guān)要求退還多繳的稅款并加算銀行同期存款利息，稅務(wù)機(jī)關(guān)及時查實后應(yīng)當(dāng)立即退還；涉及從國庫中退庫的，依照法律、行政法規(guī)有關(guān)國庫管理的法規(guī)退還。國稅發(fā)[2009]79號《企業(yè)所得稅匯算清繳管理辦法》第十一條也規(guī)定，納稅人在納稅年度內(nèi)預(yù)繳企業(yè)所得稅稅款少于應(yīng)繳企業(yè)所得稅稅款的，應(yīng)在匯算清繳期內(nèi)結(jié)清應(yīng)補(bǔ)繳的企業(yè)所得稅稅款；預(yù)繳稅款超過應(yīng)納稅款的，主管稅務(wù)機(jī)關(guān)應(yīng)及時按有關(guān)規(guī)定辦理退稅，或者經(jīng)納稅人同意后抵繳其下一年度應(yīng)繳企業(yè)所得稅稅款。企便函[2009]33號文關(guān)于調(diào)減應(yīng)納稅所得額涉及多繳所得稅的處理與上述文件并不完全符合。當(dāng)然，企便函[2009]33號文只是國家稅務(wù)總局大企業(yè)司針對最近部分定點(diǎn)聯(lián)系企業(yè)稅收自查工作過程中反映出的有關(guān)問題適用稅收政策的回復(fù)，并不普通適用納稅人，因此本條規(guī)定應(yīng)僅適用于此次自查所涉及的企業(yè)。